En France, la gestion des fonds européens a été progressivement transférée aux Régions, surtout depuis la programmation 2014–2020, afin d’adapter les politiques de cohésion aux spécificités locales.

Cette décentralisation modifie les relations entre acteurs et impose de nouvelles exigences en matière de méthode, de contrôle et de performance, apportant à la fois des avantages et des défis pour la gestion territoriale.

 

Une nouvelle architecture au service des territoires

De 2021 à 2027, plus de 42 milliards d’euros de fonds européens soutiennent en France des projets liés à la transition énergétique, à l’innovation, au développement rural, au numérique, à l’emploi et à la coopération transfrontalière.

La France applique le principe de gestion partagée : la Commission européenne définit les grandes orientations et valide les programmes, tandis que leur mise en œuvre opérationnelle est assurée au niveau national et régional.

 

Dans ce cadre, les Régions jouent aujourd’hui un rôle central en tant qu’autorités de gestion.

Elles sont responsables de la sélection des projets, du suivi de leur mise en œuvre, de la certification des dépenses et, dans certains cas, de la communication des résultats. Cette répartition des rôles s’accompagne d’une montée en compétence progressive des services régionaux et de leurs partenaires.

 

Les enseignements de la programmation précédente

La programmation 2014–2020 a marqué un tournant dans la gestion des fonds européens en France, avec le transfert de la gestion du FEDER, FSE et FEADER aux Régions.

Malgré des débuts difficiles liés à la complexité et au manque d’harmonisation, les Régions ont organisé leurs services et amélioré leurs procédures, permettant un taux d’engagement satisfaisant et une intégration des leviers de simplification dans la nouvelle programmation.

 

Une gouvernance complexe, mais clarifiée

La gestion des fonds européens repose sur plusieurs acteurs importants, chacun avec un rôle précis pour que les projets avancent bien et que les règles soient respectées.

 

L’autorité de gestion supervise chaque programme et assume l’ensemble des responsabilités afférentes. Désignée par le gouvernement, elle sélectionne les projets à financer, veille au respect des procédures et au bon accomplissement des objectifs fixés. En fonction du programme, cette autorité peut être une région, un ministère, un département ou toute autre entité publique compétente.

 

L’autorité de certification vérifie que l’argent dépensé par les projets est correct et conforme aux règles. C’est elle qui demande à l’Union européenne de verser les fonds une fois que tout est validé.

Parfois, l’autorité de gestion confie certaines tâches à des organismes intermédiaires, comme les conseils régionaux ou les départements, pour gérer plus facilement les projets sur le terrain.

 

Pour garantir que tout fonctionne bien, la Commission interministérielle de coordination des contrôles (CICC), qui est l’autorité d’audit, réalise des contrôles sur un échantillon de projets. Elle s’assure que les fonds sont bien utilisés et que les règles sont respectées.

Dans certains cas, comme pour les fonds agricoles, un organisme payeur spécifique gère et contrôle les dépenses financières.

Cette organisation permet de suivre précisément les fonds européens, d’assurer leur bonne utilisation, et de soutenir efficacement le développement des territoires.

 

Une exigence accrue de qualité, de contrôle et de résultat

Avec la nouvelle programmation, les exigences réglementaires sont de plus en plus tournées vers la performance et la simplification. Les autorités de gestion doivent produire des résultats tangibles, suivre des indicateurs précis, et garantir une parfaite traçabilité des dépenses.

Dans ce contexte, le rôle des auditeurs, des autorités d’audit prend une dimension stratégique. Il ne s’agit plus seulement de détecter les erreurs, mais d’assurer la qualité globale du système de gestion et de renforcer la confiance des institutions européennes dans les dispositifs nationaux et régionaux.

 

Une expertise ancrée dans les territoires

Depuis plusieurs années, notre cabinet accompagne ce mouvement de territorialisation des fonds européens.

Entre 2022 et 2024, nous avons réalisé près de 1 000 audits de projets cofinancés par les fonds structurels, notamment le FEDER, le FEADER et le FEAMPA. Ces missions nous ont conduits à analyser la qualité de la piste d’audit, le respect des règles d’éligibilité, la conformité des procédures d’achat public, la justification du service fait ou encore la robustesse des indicateurs de réalisation.

 

Conclusion

La territorialisation des fonds européens confère aux Régions un rôle stratégique, tout en exigeant rigueur et conformité de la part des porteurs de projets.

S’entourer de partenaires experts permet d’optimiser les ressources, sécuriser les actions cofinancées et atteindre les objectifs des programmes 2021–2027.

 

Matthieu LAMY  – Président

Richard SEURET – Chef de Mission